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Soutenance de thèse d'Aurélie Hinsberger

Le 4 novembre 2020, Aurélie Hinsberger soutiendra sa thèse intitulée Structuration des populations virales chez les baculovirus. Importance de l’infection multiple. Cette thèse est dirigée par
Miguel Lopez-Ferber (Pr. IMT Mines Alès) et Franck Gallardo (Neovirtech, Toulouse), en partenariat avec l’ED GAIA – Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau.

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Résumé de la thèse

La gestion des ravageurs des cultures a été de tout temps un enjeu d’importance. Dans l’agriculture moderne, cette gestion passe en particulier par l’utilisation d’insecticides de plus en plus respectueux de l’environnement  et  de  la  santé.  Dans  la  lutte  contre  le  ravageur  du  pommier  Cydia  pomonella,  les bioinsecticides à base du baculovirus CpGV sont utilisés en Europe depuis presque 30 ans. Cependant, l’utilisation  massive  d’un  seul  génotype  viral  a  conduit  à  l’apparition,  et  la  dispersion,  d’insectes résistants,  compromettant  les  productions  fruitières.  Il  a  été  montré  que  la  diversité  génétique  des baculovirus persiste dans les populations d’insectes résistants, même les génotypes contre lesquels des résistances  spécifiques  ont  été  développées.  L’utilisation  de  cette  diversité  en  lutte  biologique,  en particulier l’obtention d’une infection multiple dans chaque insecte, représente une solution pour limiter l’apparition de résistance chez l’insecte.
L’objectif  de  ces  travaux  de  recherche  est  de  garantir  une  gestion  durable  des  résistances,  en explorant les avantages de la diversité génétique virale et des infections multiples pour une utilisation agronomique.  Ce  travail  comporte  deux  parties,  l’une  portant  sur  le  développement  et  l’autre  sur l’utilisation  de  méthodes  d’exploration  des  infections  en  conditions  de  terrain  et  de  laboratoire.  Deux outils permettant le suivi des génotypes de CpGV à différentes échelles ont été développés. Le premier outil  est  l’adaptation  de  la  technologie  ANCHOR TM   aux  baculovirus,  en  les  rendant  autofluorescents, cette  technique  permet  de  suivre  chaque  génotype  à  l’intérieur  d’une  cellule.  Le  deuxième  outil  est l’utilisation des différences de température de fusion de fragments spécifiques de leurs génomes (HRM),
ici  le  fragment  différentiel  du  gène  pe38  a  été  utilisé.  Cet  outil  permet  de  quantifier  la  fréquence  des génotypes CpGV-M et CpGV-R5 dans un insecte infecté, et d’analyser un grand nombre d’échantillons, donc d’établir la prévalence de ces génotypes dans une population. Ces outils ont été mis en application sur  le  terrain  et  en  laboratoire  afin  d’évaluer  la  dynamique  des  infections  multiples.  L’étude des interactions entre CpGV-M et CpGV-R5 a permis de mettre en évidence la coopération spécifique entre les deux génotypes. Ces travaux ont permis d’apporter quelques pistes d’amélioration pour les produits commerciaux à base de CpGV et leurs modes d’application en particulier de préconiser une augmentation des doses de CpGV pour contrôler les 2 ème  et 3 ème  générations d’insecte.

Mots clefs : Cydia pomonella, lutte biologique, baculovirus, CpGV, résistance, diversité génétique,infection multiple, identification génotypale, HRM, ANCHOR TM